O novo templo ocupa o mesmo perímetro do antigo, aumentado, porém, com a actual capela-mor, obra, como ficou dito, da esposa de D. João III, a Rainha Dona Catarina, que foi regente do reino nos anos 1557-1578. Seria nestes anos que ela empreendeu essa benfeitoria, coadjuvada por Dona Guiomar Machado, esposa de D. Pedro de Castro, a qual para isso dera grande esmola, diz o cronista franciscano Frei Fernando da Soledade, que no-la dá sepultada junto do altar de Nossa Senhora da Conceição. Esta e outras sepulturas ficaram encobertas, com o actual pavimento da capela-mor e com a colocação da teia de mármore, obras do meado do século dezoito, trabalhadas por artistas, irmãos donatos do convento. Por estes irmãos ? nomeadamente por Frei Rodrigo de Jesus, insigne mestre-canteiro ? foram trabalhadas as duas primorosas mesas de mármore preto fino que na sacristia servem de repositório para os cálices; bem como, da mesma pedra, os dois tocheiros em forma de ânfora, ainda ao serviço no presbitério da capela-mor; também as duas rendilhadas credências que ali encostam a uma e outra parede. A capela-mor era reservada para sepultura das pessoas chegadas à família real. O seu levantamento, com o dos dois altares laterais ?o da Senhora da Conceição e o fronteiro a este, agora dedicado ao Coração de Jesus em substituição do Senhor Crucificado desde 1886?obrigaram o alteamento do tecto, em abóbada de tijolo, sustentada sobre nova parede interior, em sucessão de arcos. Posteriormente ergueram-se novos altares. A capela da Senhora das Dores, cujo altar e belíssimo relevo da Senhora foi doado por Dona Filipa de Noronha, filha do Marquês de Cascais. Numa inscrição, sobre o arco da capela aberto para o templo, lê-se o ano 1740. Eram estes os três altares laterais, à data do regresso dos Varatojanos ao convento em 1861. Entre 1885 e 1888 levantaram a capela que liga com a da Senhora das Dores. Na parede do arco, agora entrada para a capela, havia dois confessionários, entre os quais um quadro de azulejo que representava a boa confissão. Resolveram numerar os azulejos desse quadro para reproduzi-lo noutro sítio, mas não há memória da sua reprodução. Fronteiro a esta capela levantaram, na mesma data, o desgracioso altar da Senhora de Lurdes. Para tal, inutilizaram o quadro de azulejo que representava o Paraíso, o último dos quatro novíssimos do homem, reproduzidos em azulejos anteriores. Temos na igreja e na sua sacristia pedaços de arte - pinturas em tábua e azulejo e mosaicos - dignos da nossa atenção. Se entrarmos pela porta principal, chamam desde logo a nossa curiosidade os altos alizares das paredes da nave, que reproduzem, em largos painéis de azulejo, a começar pelo nosso lado direito, a confissão má do pecador, a sua morte, 0 seu juízo e inferno. Depois, a capela da Senhora das Dores, com delicados azulejos, cenas da paixão de Jesus e dois magníficos quadros em madeira, também alusivos à paixão. Toda a capela é um escrínio de arte portuguesa, desde o pavimento de mármore, trabalhado e colocado por dois canteiros do Convento em 1742 1743, até aos azulejos que revestem as paredes a meia altura a pegar com as molduras dos quadros pintados em tela, tudo culminando no maravilhoso retábulo que serve de fundo à imagem de singular beleza, em alto relevo, de Nossa Senhora das Dores. Adornavam o retábulo muitas e lindas imagens assentes em pequenas peanhas. Necessário, porém, foi recolhê-las, para evitar levassem descaminho, como com uma ou outra aconteceu. Sobre a banqueta, os cinco mártires de Marrocos, cuja heróica morte despertou a vocação do primeiro grande franciscano português, Santo António de Lisboa. Noutro lugar se falará de todo o conjunto formado pelos azulejos, quadros e retábulo, como composição espiritual e artística sobre o tema da capela: as Dores da Senhora.