O edifício conventual abrigaria o máximo de 25 religiosos. Resta da primitiva construção o corredor-dormitório que liga com a entrada para o coro. Um segundo dormitório fazia ângulo com este para Leste, ambos com abóbada de tijolo. O terceiro lanço, que fechava o claustro pelo Nascente, a ligar com a igreja, era ocupado pela biblioteca e outras dependências. O aumento do pessoal, porém, forçou o do edifício. Nos meados do séc. XVI, por certo já depois do terramoto de 1531, que fez grandes estragos no convento, El-rei D. João III, refazendo e aumentando o anterior, lançou pelo lado do Norte, na direcção Leste-Oeste, o chamado «corredor grande». Posteriormente, se não na mesma época, acrescentaram-lhe para a banda do Nascente, o edifício da Enfermaria, transformado, há algumas décadas, em salão para vários usos e agora adaptado para biblioteca e sala de leitura. D. Catarina, esposa de D. João III, ergueu a actual capela-mor da igreja. Merecem, por isso, estes monarcas o nome de segundos fundadores. Com este aumento, chegou o convento a abrigar 50 religiosos com os cursos de filosofia e teologia até 1680. Fez parte da franciscana Provincia dos Algarves, até essa data, e nesse ano passou, como diremos no artigo seguinte, a seminário autónomo para a formação de missionários, com estudos e disciplina apropriada. Para o noviciado do seminário levantaram