O novo templo ocupa o mesmo perímetro do antigo, aumentado, porém, com a actual capela-mor, obra, como ficou dito, da esposa de D. João III, a Rainha Dona Catarina, que foi regente do reino nos anos 1557-1578. Seria nestes anos que ela empreendeu essa benfeitoria, coadjuvada por Dona Guiomar Machado, esposa de D. Pedro de Castro, a qual para isso dera grande esmola, diz o cronista franciscano Frei Fernando da Soledade, que no-la dá sepultada junto do altar de Nossa Senhora da Conceição. Esta e outras sepulturas ficaram encobertas, com o actual pavimento da capela-mor e com a colocação da teia de mármore, obras do meado do século dezoito, trabalhadas por artistas, irmãos donatos do convento. Por estes irmãos ? nomeadamente por Frei Rodrigo de Jesus, insigne mestre-canteiro ? foram trabalhadas as duas primorosas mesas de mármore preto fino que na sacristia servem de repositório para os cálices; bem como, da mesma pedra, os dois tocheiros em forma de ânfora, ainda ao serviço no presbitério da capela-mor; também as duas rendilhadas credências que ali encostam a uma e outra parede. A capela-mor era reservada para sepultura das pessoas chegadas à família real. O seu levantamento, com o dos dois altares laterais ?o da Senhora da Conceição e o fronteiro a este, agora dedicado ao Coração de Jesus em substituição do Senhor Crucificado desde 1886?obrigaram o alteamento do tecto, em abóbada de tijolo, sustentada sobre nova parede interior, em sucessão de arcos. Posteriormente ergueram-se novos altares. A capela da Senhora das Dores, cujo altar e belíssimo relevo da Senhora foi doado por Dona Filipa de Noronha, filha do Marquês de Cascais. Numa inscrição, sobre o arco da capela aberto para o templo, lê-se o ano 1740. Eram estes os três altares laterais, à data do regresso dos Varatojanos ao convento em 1861. Entre 1885 e 1888 levantaram a capela que liga com a da Senhora das Dores. Na parede do arco, agora entrada para a capela, havia dois confessionários, entre os quais um quadro de azulejo que representava a boa confissão. Resolveram numerar os azulejos desse quadro para reproduzi-lo noutro sítio, mas não há memória da sua reprodução. Fronteiro a esta capela levantaram, na mesma data, o desgracioso altar da Senhora de Lurdes. Para tal, inutilizaram o quadro de azulejo que representava o Paraíso, o último dos quatro novíssimos do homem, reproduzidos em azulejos anteriores. Temos na igreja e na sua sacristia pedaços de arte - pinturas em tábua e azulejo e mosaicos - dignos da nossa atenção. Se entrarmos pela porta principal, chamam desde logo a nossa curiosidade os altos alizares das paredes da nave, que reproduzem, em largos painéis de azulejo, a começar pelo nosso lado direito, a confissão má do pecador, a sua morte, 0 seu juízo e inferno. Depois, a capela da Senhora das Dores, com delicados azulejos, cenas da paixão de Jesus e dois magníficos quadros em madeira, também alusivos à paixão. Toda a capela é um escrínio de arte portuguesa, desde o pavimento de mármore, trabalhado e colocado por dois canteiros do Convento em 1742 1743, até aos azulejos que revestem as paredes a meia altura a pegar com as molduras dos quadros pintados em tela, tudo culminando no maravilhoso retábulo que serve de fundo à imagem de singular beleza, em alto relevo, de Nossa Senhora das Dores. Adornavam o retábulo muitas e lindas imagens assentes em pequenas peanhas. Necessário, porém, foi recolhê-las, para evitar levassem descaminho, como com uma ou outra aconteceu. Sobre a banqueta, os cinco mártires de Marrocos, cuja heróica morte despertou a vocação do primeiro grande franciscano português, Santo António de Lisboa. Noutro lugar se falará de todo o conjunto formado pelos azulejos, quadros e retábulo, como composição espiritual e artística sobre o tema da capela: as Dores da Senhora.

Quem, vindo de Torres Vedras, desce o lugar de Varatojo, ou, deixando a estrada Torres - Santa Cruz, sobe por entre os campos ladeando o muro do convento pelo Nascente, chega a um pequeno largo em que se ergue o busto do P. Frei José Pedro Ferreira. Descendo depois o escadório que leva ao átrio da igreja, fica-lhe à direita a janelinha gótica donde, segundo a tradição, D. Afonso V, quando de retiro no convento, falava aos pobres e lhes distribuia esmolas. O escadório é elegante e foi lançado pelo insigne benfeitor P. João Luis de Carvalho, natural da vila de Óbidos e, ao tempo, Beneficiário da Colegiada de Arruda dos Vinhos. Os azulejos que embelezam as testeiras dos seus dois lanços foram aí adaptados, vindos dum convento abandonado, depois de 1834. Já os admirou em 1875 Pinho Leal e lhe fez a seguinte referência: «Em 1834 uns malvados, tão infames como estúpidos, tiraram a picão os olhos de quase todas as figuras. O mesmo fizeram outros que tais naquele ano em outros muitos conventos e igrejas, até no da Graça em Lisboa». Isto se faz constar para que tal selvajaria não se atribua aos bons vizinhos do convento. Uma vez no átrio, passado um formoso portão de ferro forjado a fechar alto arco de pedra mármore encimado pelo nicho de Santo António, o visitante tem à sua esquerda a capela de Nossa Senhora do Sobreiro, de que se falará noutro lugar, e, à sua direita, o pórtico ogival que dá entrada para a igreja, encimado pela palavra «Silêncio».

Se a visita começar - como habitualmente acontece - pela portaria do convento, é o claustro a primeira maravilha que surpreende e encanta o visitante. Um verdadeiro poema de beleza franciscana: a elegância e pequenez das colunas e a sobriedade dos arcos em ogiva, a harmonia e recato da galeria superior, o colorido de quatro grandes canteiros de flores, a luz que tudo inunda permitida pela humildade dos edifícios, o vôo e o chilrear das andorinhas que fazem ninho nos beirais, a «irmã glicínia», velha de séculos, rugosa e enlaçada nas colunas, como a lembrar o amor enternecido e teimoso dos frades ao seu convento, e que, quando florida, enche o ambiente dum ar festivo e perfumado... tudo isto cria uma atmosfera de paz, de simplicidade, e de harmonia. O claustro é em dois pisos. No forro do primeiro vai-se desenrolando e entrelaçando o cordão franciscano, formando losangos que emolduram o rodízio de tirar água, divisa do rei-fundador. No chão, pedras sepulcrais cujos números vão desaparecendo, polidos pelas sandálias dos frades ao longo dos séculos. Seguindo pela esquerda, logo a dois passos abre-se uma pequena sala cuja parede do fundo nos oferece, em toda a sua face, um quadro de Santo António em azulejo policromado do séc. XVI. A conservação do mesmo se deve à devoção dum humilde pedreiro que, contratado para o destruir pela sanha iconoclasta de 1910, o escondeu com uma parede falsa. Revelado mais tarde o segredo, foi a parede desfeita e a imagem do Santo Padroeiro voltou ao convívio dos homens.

O edifício conventual abrigaria o máximo de 25 religiosos. Resta da primitiva construção o corredor-dormitório que liga com a entrada para o coro. Um segundo dormitório fazia ângulo com este para Leste, ambos com abóbada de tijolo. O terceiro lanço, que fechava o claustro pelo Nascente, a ligar com a igreja, era ocupado pela biblioteca e outras dependências. O aumento do pessoal, porém, forçou o do edifício. Nos meados do séc. XVI, por certo já depois do terramoto de 1531, que fez grandes estragos no convento, El-rei D. João III, refazendo e aumentando o anterior, lançou pelo lado do Norte, na direcção Leste-Oeste, o chamado «corredor grande». Posteriormente, se não na mesma época, acrescentaram-lhe para a banda do Nascente, o edifício da Enfermaria, transformado, há algumas décadas, em salão para vários usos e agora adaptado para biblioteca e sala de leitura. D. Catarina, esposa de D. João III, ergueu a actual capela-mor da igreja. Merecem, por isso, estes monarcas o nome de segundos fundadores. Com este aumento, chegou o convento a abrigar 50 religiosos com os cursos de filosofia e teologia até 1680. Fez parte da franciscana Provincia dos Algarves, até essa data, e nesse ano passou, como diremos no artigo seguinte, a seminário autónomo para a formação de missionários, com estudos e disciplina apropriada. Para o noviciado do seminário levantaram

De finais do século XV é monumento nacional e sofreu acrescentos ao longo dos séculos.Fundado em 1470, por voto e devoção do rei D. Afonso V, a Ordem de S. Francisco, sofreu beneficiações com D. João III. Novas ampliações se verificaram nos séculos XVII, XVIII e no século XX.
Da primitiva traça conserva a fachada e a porta. A porta apresenta arquivolta ogival, de capiteis com máscaras, hera, cachos de uvas, vinhas, folhas de carvalho e glande, base com moldurado característico do reinado de D. Afonso V.
A Igreja do Convento é de uma só nave, sem transepto e as suas paredes são revestidas por azulejos do século XVIII e vários nichos para confessionários, cujos azulejos se compõem de motivos alusivos á confissão.
Os altares laterais são revestidos por talha barroca e possuem uma banqueta de mármores embutidos. A capela-mor é o espaço mais rico da Igreja quer pela sua abobada de berço com caixotões, como pelo forro de azulejos do século XVIII com cenas da vida de Sto. António, emoldurados por largas cercaduras.
Dispõe ainda de outras riquezas que justificam uma visita demorada ao local.
Na sacristia, realce para duas tábuas do século XVII, (representando o Milagre da Mula e o Pentecostes), para os silhares de azulejos do século XVIII, vários armários de parede e um grande arcaz setecentista.
O claustro, de tipo gótico, apresenta dois andares, com arcada ogival assente sobre colunas chanfradas.No andar térreo, o tecto é decorado com o emblema de D. João V, acompanhado pela corda franciscana. Na ala norte, uma porta manuelina, decorada com largos florões, dá acesso à capela do Senhor Jesus, que é forrada de azulejos de ponta de diamante.
Ainda no claustro, o nicho de Sto. António com azulejos policromados representando o Santo.
A sala do capítulo é também de grande interesse pelos seus azulejos de albarradas, do século XVIII, e pelas várias telas entre as quais se destaca a de (Frei António das Chagas).
No Convento, há ainda a realçar a Capela de N.ª Senhora do Sobreiro, em frente à entrada da Igreja, construída em 1777. No seu interior apresenta talha dourada, mármores e colunas, cujos fustes possuem placas imitando lapis-lazúli. No coro alto, azulejos com molduras roxas e amarelas, com cenas da vida da Virgem até ao nascimento de Cristo.

"Con la suerte mas sublime Se eleva tu Corazon Si el peso, ou tribulacion Al mismo no le deprime."

São muitos os painéis de azulejo que ornamentam o templo conventual, a sacristia e várias capelas, todos de bom lápis, merecedores da atenção dos amadores deste género de pintura, muito usado no sul continental, por ter à mão a fábrica lisbonense do Rato, a qual, no século dezoito e princípio do século dezanove no dizer de um escritor excedeu as fábricas de Espanha. Supomo-los posteriores a 1799, data em que publicou a história do convento o P. Fr. Manuel Maria Santíssima, pois, cuidadoso como é em notar as minimas obras de arte do seu amado Seminário de Varatojo, não lhe faz referência alguma. Não será desacerto datá-los do primeiro terço do século dezanove.

É obra e empenho do nosso monarca D. Afonso V, que em cumprimento de um voto que fizera a Santo António para auxiliá-lo nas conquistas do norte de África, o mandou levantar. Veio ele mesmo, com os fidalgos da sua real Câmara e grande acompanhamento de clero, nobreza e povo, desde a vila de Torres, lançar a primeira pedra em Fevereiro de 1470. Entregou o andamento da obra, com recomendação de ser veloz, ao Vedor da Casa da Rainha, sua mãe, Diogo Gonçalves Lobo.